Er berge daher erhebliche Unsicherheiten für künftige Bundeshaushalte, heißt es in einem Bericht des Bundesrechnungshofes für den Haushaltsausschuss des Deutschen Bundestages. Außerdem kritisiert der Rechnungshof, dass dem Parlament keine aktuellen Zahlen zu den Kosten der Hinterlandanbindungen aus dem Bundesverkehrsministerium vorlägen.

Das Ministerium verweise auf Zahlen auf seiner Internetseite, die auf Preisen aus dem Jahr 2002 basieren. Danach soll der Ausbau der Straßen- und Schienenanbindung auf deutscher Seite rund 840 Mio. EUR  kosten. Dagegen hält der Bundesrechnungshof wegen steigender Preise und Folgekosten eine Verdoppelung der Kosten auf rund 1,7 Mrd. EUR allein für die deutsche Hinterlandanbindung für möglich. Außerdem befürchtet er unkalkulierbare Haftungsrisiken aus dem Staatsvertrag und rügt die finanzielle "Intransparenz" des Verfahrens beim Bundesverkehrsministerium.

Das dänische Verkehrsministerium dagegen habe in seinem Ende März vom Parlament beschlossenen Projektierungsgesetz die Kosten nach aktuellem Stand umfassend ausgeführt - sowohl für das eigentliche Bauwerk als auch für die Hinterlandanbindungen in Dänemark.

Der Bundesrechnungshof bekräftigte damit seine Kritik, die er bereits Ende 2008 geäußert und anlässlich einer Anhörung im Verkehrsausschuss des Bundestages überarbeitet hatte. Der Bundestag soll noch vor der Sommerpause über den Staatsvertrag zwischen Deutschland und Dänemark abstimmen. Darin wird der Bau einer 19 km langen Straßen- und Schienenverbindung über die Ostsee zwischen beiden Ländern festgeschrieben. Die Kosten der Querung trägt Dänemark allein, Deutschland muss die Straßen- und Eisenbahnanbindung im eigenen Land bezahlen.